BIOVIA Discovery Studio 2024
BIOVIA Discovery Studio(简称DS),是一款面向生命科学领域的综合分子建模和模拟软件,基于Windows/Linux系统和个人电脑、面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境。它服务于生命科学领域的实验生物学家、药物化学家、结构生物学家、计算生物学家和计算化学家,应用于蛋白质结构功能研究,以及药物发现。为科学家提供易用的蛋白质模拟、优化和药物设计工具。通过高质量的图形、多年验证的技术以及集成的环境,DS将实验数据的保存、管理与专业水准的建模、模拟工具集成在一起,为研究队伍的合作与信息共享提供平台。
最新更新
(1)PharmaDB Profiler协议报告每个独特功能的映射详细信息;
(2)PharmaDB Filter协议可以使用pdb_id或scpdb_id进行过滤;
核酸链的主链可以在Discovery Studio客户端中通过残基进行着色;
(1)Perl脚本语言升级到5.36.0;
(2)通过残基对核酸主链进行着色;
(3)药效团理论的帮助信息现在包括,提供有关形状评分和药效团特征特性的详细信息;
(4)动力学(Production)、动力学(NAMD)、GaMD平衡和GaMD Production协议进行了更新,包括改进的参数验证,以及对时间步长参数的修改,缩小选择范围到特定范围内的离散增量;
(5)提前安装Pipeline Pilot 2024;
(6)改进了Align Sequence Profiles(Align 123)协议中Use Secondary Structure参数的帮助文本,并在选择DSC或TRANSMEM二级结构进行对齐时,如果没有提供正确的二级结构输入,则增加了错误处理信息;
(7)以下协议不能从Discovery Studio客户端访问:更新抗体数据库、下载BLAST DB文件、更新BLAST数据库、构建PDB引用数据和自定义Discovery Studio模板。只能从Pipeline Pilot Professional客户端访问;
(8)Intel MPI升级到2021.10;
(9)Qt Windows库更新到5.15.14版本,以解决安全漏洞;
(10)PharmaDB Profiler协议报告每个唯一函数的映射详细信息,PharmaDB Filter协议支持使用pdb_id和scpdb_id进行过滤;
(1)当平台参数设置为GPU时,Dock Proteins(ZDOCK)协议在Windows上不再失败;
(2)从默认值修改Tolerance参数后,Create 3D Fingerprint协议不再失败;
(3)使用指定为快捷路径的重新启动文件从Pipeline Pilot Professional客户端运行时,Dynamics(生产)和Dynamics(平衡)协议不再失败;
(4)分配力场协议不再为相应力场RTF中具有两个字母元素符号的原子生成不正确的原子排序;
(5)分配力场协议使用力场数据更新结构;
(6)Discovery Studio客户端中的PDB Ligand Bond Orders脚本可以正常工作;
(7)如果叠加算法无法收敛,测量轨迹特征、自由能预测和簇一致性协议会产生错误,修改原子选择或参考构象可以解决此错误;
(8)作业描述参数将从MATCH协议的分配力字段和类型配体中删除。这不会影响协议的功能;
(9)Predict Humanization Mutations协议将查询序列的名称包含在最终消息中;
(10)2023 SP1的新主题和产品发布文档中的一个条目错误地说明了RCSB结构搜索协议使用的最新更新的残基数据库中的残基数量。先前版本部分中的相关条目已修复,以指示正确的数字40322;
(11)删除了在Discovery Studio客户端中导入协议的功能,以解决安全漏洞。您可以使用Pipeline Pilot Professional客户端将协议导入服务器;
(12)Perl脚本示例代码,MarkSideChainFormationViolations,按预期在Linux操作系统上的Discovery Studio客户端上运行;
(13)重新启动模拟后,动力学(Production)协议现在可以正确报告进度;
(14)在MSLD Bias Optimization and Production协议中,当Use BLaDE参数设置为False时,可以将“Number of Cores per Simulation”参数设置为1;
(15)“打开URL”对话框中的Discovery Studio客户端PDB配体默认位点定义不再受RCSB支持,并且已从默认URL位置首选项中删除。但是,如果从早期版本的Discovery Studio导入了首选项,则此选项仍可能出现。您可以在Edit >Preferences>Files Explorer>“URL位置”页面中删除它们;
(16)Discovery Studio客户端显示“增强的采样”工具面板;
(17)Discovery Studio客户端中显示了大分子偶极矩监测器的标签;