BIOVIA Discovery Studio

         DS软件对于核酸的支持，在2022年得到更新，因此DS2022往后的客户端才支持显示核酸-配体的相互作用3D和2D图。可以浏览器搜索东方科软，或直接进入我司官网（www.imatsoft.com)获取最新版本的DS客户端软件。

           在化学和分子建模的背景下，力场是一种计算方法，用于估计分子内原子之间以及分子之间的力。更准确地说，力场是指在分子力学、分子动力学或蒙特卡罗模拟中用于计算原子或粗粒粒子系统的势能的函数形式和参数集。所选能量函数的参数可以从物理和化学实验、量子力学计算或两者中得出。力场是原子间势，与经典物理学中的力场具有相同的概念，不同之处在于化学中的力场参数描述了能量景观，从中每个粒子的作用力作为势能相对于粒子坐标的梯度推导出来。根据时间颗分为一代（charmm）、二代(COMPASS)、三代(Dreidin)力场，根据类型可分为一类（全原子力场）、二类（联合原子力场）、三类（粗粒度力场）力场。全原子力场为系统中每种类型的原子（包括氢）提供参数；联合原子力场将甲基和亚甲基桥中的氢和碳原子视为一个相互作用中心；粗粒度力场通常用于蛋白质、核酸和多组分复合物等大分子的长期模拟，为了提高计算效率，牺牲了化学细节。
                 DS软件中主要使用的是charmm力场的商业版（免费版没有高性能并行MD功能），称为CHARMm（也是一款分子动力学软件的名字），这是一种全原子力场，由2013年诺贝尔化学奖获得者Martin Karplus团队开发并维护。charmm力场发展至今已有多种力场，在DS中支持CHARMm、CHARMm Polar H、charmm19、charmm22、charmm27、charmm36。
        CHARMm力场是一种通用的全原子I类力场。主要针对生物系统，包括多肽，核酸，磷脂、多糖、蛋白质、辅基、小分子配体等。因为它们存在于溶液，晶体和膜环境中。优缺点：CHARMm力场可以用于不同的溶剂模型，包括显式溶剂模型和各种广义Born隐式溶剂模型。CHARMm力场对有机分子有广泛的覆盖范围，对蛋白质有足够的准确性，被广泛用于蛋白质-配体、蛋白质-蛋白质相互作用的研究。
CHARMm Polar H使用与CHARMm力场相似的极性氢模型。与极性重原子(如氮、氧)结合的氢被明确建模，而那些与非极性重原子(如碳)连接的氢与束缚的重原子“结合”，形成“延伸”的原子。为了近似全原子表示的结果，对这种扩展原子的一些参数进行了调整。CHARMm极性H力场最初是为了提高计算效率而开发的。在过去，这一特性在“真空”模拟中很有用，在真空中，非极性氢原子占粒子总数的一半。计算上的优势现在变得不那么重要了，因为计算机硬件的改进和显式溶剂模拟的使用增加了，其中极性氢模型在速度上的差异很小。
charmm19力场是为蛋白质和多肽参数化的极性氢力场。优缺点：CHARMm程序中流行的几种隐式溶剂模型，如广义Born (GenBorn)，都是基于该力场开发的。因此，charmm19在这些溶剂中具有最好的模拟精度。它对其他有机分子没有显著的覆盖，因此仅限于蛋白质模拟。注：charmm19力场是用一组特定的非键截止距离参数化的，这应该在使用该力场的模拟中应用。
charmm22力场是一个全原子的I类力场。它是高度优化的构象性质和蛋白质和肽在显式溶剂环境下的能量。优缺点：charmm22力场为凝聚态蛋白质模拟提供了最高的精度；charmm22力场在本应用中支持的许多隐式溶剂模型中也表现良好，例如广义Born模型GBSW和GBMV；像charmm19一样，charmm22对一般有机分子的覆盖范围有限，而且仅限于建模蛋白质和多肽。
charmm27力场是charmm22力场的超集，附加了核酸的覆盖范围。其高质量的核酸参数已在许多应用中得到证实。优缺点：charmm27对蛋白质和核酸具有高度精确的参数集，是研究蛋白质-核酸结合的最佳选择，无论是在显式溶剂模型中，还是在广义Born溶剂模型中；CMAP校正准确再现多肽骨架二面体分布；charmm27力场目前没有广泛覆盖其他一般类型的有机分子。
charmm36力场是charmm22和charmm27力场的修订版，改进了蛋白质和肽的骨架CMAP和侧链扭转参数。优缺点：charmm36中的蛋白骨架CMAP参数经过优化，以纠正charmm22和CMAP中α螺旋形成的偏倚，它既适用于模拟未折叠或内在无序的蛋白质，也适用于研究蛋白质折叠机制；CMAP校正准确再现多肽骨架二面体分布。

当点击ViewResults.ds_pl出现无法执行ViewResults.ds_pl文件的错误提示时，首先应该考虑问什么打开这个文件会出错。以一位群友给我发的报错文件为例。
这是他的output文件：可以看到ViewResults.ds_pl也就才2K，根本无法保存庞大的信息，说明它相当于是打开保存信息的那个文件的快捷方式而已。

以记事本打开ViewResults.ds_pl文件，可以看到他是有一个指定路径文件的命令行：打开filtered.sd这个文件，与上述猜测不谋而合。

这是正常的的output文件，可以看到，这里就有filtered.sd这个文件。

那么现在大家伙知道出现An error was encountered during execution of ViewResults.ds_pl这个错误是什么原因了吗？解决方案，结果文件缺失，尝试重新运行，或者购买正版，盗版总会有这样那样的问题，或者直接打开结果文件，直接打开相应文件即可。

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