【DS应用实例】达索系统Jodi Shaulsky与C4 Therapeutics药物公司的成果展示: 目标蛋白质降解

设计治疗方法的新策略并不经常出现，而靶向蛋白降解（TPD）就是最近才出现的新策略之一。我们的客户C4 Therapeutics正在积极开发这项技术。

该公司表示:

靶向蛋白质降解利用细胞的固有能力来控制蛋白质水平，以消除已知的疾病驱动因素。

TPD方法标记要破坏的蛋白质，通常使用所谓的降解分子。该过程是基于中间三元复合体目标降解连接酶的生成。目标降解连接酶通过一种被称为泛素化的自然细胞过程导致蛋白质的破坏。降解物不同于抑制剂，它们实际上破坏目标蛋白而不是限制其活性。

C4 Therapeutics与BIOVIA公司的Jodi Shaulsky最近发表的一篇论文结合了实验和计算工具，提供了一种工作流程，可快速了解降解诱导的蛋白质在溶液中的界面结构。

使用氘氢交换质谱和计算建模的降解诱导三元配合物的结构表征：基于结构的设计，此文章发表在ACS化学生物学杂志上。

Discovery Studio的CHARMm被用于包装蛋白质降解复合物，并使用蛋白质结合ZRANK对它们进行互补。这项工作为TPD研究创建了一个有趣的模板，例如使用PROTAC方法学。

本文翻译自Dassault Systèmes Bolg,

2022年13期应用案例赏析-03