ChemDoodle 3D v1最初以ChemDoodle 7的孵化器状态发布,允许用户以3D形式查看其绘制的分子。随着ChemDoodle 8的发布,ChemDoodle 3D v2被分离成自己的产品,允许更多的图形,支持大分子和周期性结构。最后,在2017年5月,ChemDoodle 3D v3是ChemDoodle 3D软件的第一个商业版本。ChemDoodle 3D允许用户直观地使用三维化学信息,并在行业中创造出一些更好的图形。更大的成就之一是系统内置的实时物理模拟,允许用户在3D中构建和播放分子。除了广泛的图形选项,包括阴影,阴影,雾化,文字等等。