Diamond是一款杰出的分子和晶体结构数据可视化分析软件。它整合了丰富的功能,利用该软件不仅能创建晶体模型,还能以各种形式将其展示出来,而且模型可以根据用户的需要自由旋转、移动和缩放,可以用着色方案对原子进行强调和渲染,也可以对晶体模型进行文字标注。此外它拥有很高的数据处理能力,使用范围非常广,是一款适用于分子和固体化学以及表面和材料科学的综合性工具。
1.简单易用
2.功能众多
3.呈现性好
4.专业便捷
专有二进制Diamond 3/4文档格式(扩展名.diamdoc):
支持晶体和分子结构(即有和没有平移对称)。
在文档中存储多个结构数据集,每个数据集具有:
原子参数,
单元参数和空间组(可选),
各向异性位移参数,
连接参数(键,H键,非键合触点)
化学和书目数据(作者,参考,数据库来源等)。
支持结构数据集的多个结构图片。保存您自己的组合和设计的晶体结构框架。
兼容Diamond 2格式(DSF)。
原子数,键数,多面体等仅受RAM限制。
手动输入或更新化学,结晶学和书目数据。
从数据格式自动导入:
由ICSD或CRYSTMET创建的CRYSTIN下载格式
剑桥结构数据库FDAT格式。
Brookhaven蛋白质数据库格式。
SHELX-93格式。
晶体信息文件(CIF)。
XYZ格式(带有笛卡尔坐标的自由格式),
SYBYL MOL和MOL2格式,
Cerius2(CSSR)格式,
MDL MOL格式。
将结构数据导出为:
CIF,
SCHAKAL,
XYZ格式。
POV-Ray助手可以创建具有阴影,反射,纹理,背景图形等的照片般逼真的场景。
将结构图的3D世界导出为VRML。
导出结构图片的2D图形(用于后处理,例如在文字处理器或图形应用程序中):
作为Windows图元文件(WMF,面向矢量),
作为位图(BMP;用户定义的宽度,高度和分辨率),
作为GIF,JPG或PNG文件,例如与HTML文档链接。
在文档之间剪切,复制或粘贴数据集(以及相关的结构图片)。允许创建小“数据库”。
搜索化学,晶体学或书目数据:
在所选目录中所选类型的文件中,
在“晶体开放数据库”(COD)中,包括(其中包括)AMCSD(“美国矿物学家晶体结构数据库”)以及来自IUCr期刊的CIF文件。
最常见(无机)结构类型的小型数据库,例如插入结构数据或来自的预定义结构图片。
文档中可配置的结构数据集列表:
作为表(“结构列表”)
或以折叠形式作为“结构信息栏”。
用于区分具有多个结构的文档中的结构数据集的颜色编码。
所选数据集或整个文档的结构图片的缩略图概述。
最近的图片列表,包含最后编辑过的图片/文档的缩略图。
结构数据文本表示的数据表:
紧凑或全面的形式
或者自定义选择和项目顺序。
“原子列表”:结构图中原子的分层列表,原子位点和/或基团或分子的基团。
打印选定的数据集,数据表,表格或结构图片。通过Windows剪贴板对数据集进行文本复制以进行后期处理。
将数据表和表格导出为HTML。
可选助手,有助于从头创建结构图片或修改图片。
“自动图片创建器” - 与结构图片并排放置在对接窗口中 - 以交互方式改变图片构建以及图片设计和查看方向。
“构建方案”(在Diamond 3中称为“自动构建器”),可自动创建图片或根据用户定义的策略创建图片。在可视化大量类似结构时很有用。
“晶体”和“分子”结构之间的转换,即添加或去除细胞和对称信息。
填充单位细胞,多个细胞,任何细胞范围,或选定中心原子周围的盒子或球体。
在屏幕内填充用户定义的矩形区域。
沿平面(hkl或最小二乘)或平面与坐标系壁之间填充板坯。
选择构造子晶格的原子(“过滤器”)。
原子环境的创建(和讨论),可选地来自原子位点的Dirichlet域。
讨论由直方图辅助的连通性,显示所选原子类型之间的距离分布以及粘合参数,以及自动计算和检查距离范围。
基于连接性自动创建键,或者通过在两个原子之间插入键来手动创建键。
添加 原子参数列表的所有原子(以及可选的键,H键,触点)以及连接参数列表。
从参数列表生成原子作为构建复杂框架的初始原子。
完成所选原子周围的配位球。
“泵浦”:在选定原子周围生成多个球体及其反转(“收缩”)。
自动生成分子或完成片段,例如已经在细胞边缘处剪切。
分子单元的定义(来自原子参数列表)。
在对称等效位置从分子单元产生分子。
搜索选定原子或分子附近的分子。
创建分子填料(平行六面体,球体,平板或层)。
“成长”和“切割:聚合物或分子片段的膨胀和还原。
创建“断开”键以发出无穷小的链,层或3D框架的信号。 “破产”与正常债券之间的转换。
H键和非键合接触连接的定义。建立H债券和联系人。
通过H键和/或接触扩展到相邻原子或分子以构建分子簇并反转(“减少”)。
讨论接触球和用鼠标轮扩展或减少分子簇。
在结构图片之间剪切,复制和粘贴结构部件:
可以复制结构图片(或整个图片)的片段。
复制的片段可以粘贴到相同数据集的空白或其他图片中。
用户控制的构建框架的拆除。
多步撤消和重做功能 (带图片缩略图),即使是高度复杂和未知的结构框架,也能实现安全的实验。
“设计方案”(一种样式表),包含图片设计和查看设置,可快速轻松地应用于其他结构图片。
布局模式:
定期/窗口,
用于打印输出,例如A4页面尺寸,白色背景,
用于创建具有给定x和y维度以及dpi分辨率的位图。
可变缩放系数(增强Diamond 2的“页面视图”模式)。
模型,全局或单独分配给单个或原子组(允许在同一个图片中混合不同的模型):
球棒(常规),
椭球,
空间填充,
棒或线(取决于粘合半径)。
沿特殊轴或特殊平面定义视图。
中央或平行投影,深度提示和立体显示。
逼真的渲染模型,具有用户定义的光源和材料属性(OpenGL)。
原子团和键的颜色,样式和半径的变化。每个单个原子的单独设计是可能的。
用鼠标轮改变原子和键半径。
平面和渲染模式下的ORTEP类原子样式(椭圆,八分圆)。
任选的片段化和双色键。
标记原子和键。用户自定义文本,可以放在图片的任意位置。
生成协调多面体:
围绕所选组的中心原子或围绕单独选择的原子,
由选定的配体原子构成,
可选地具有透明或阴影表面。
加强协调多面体的构建:
通过选择(点击)原子和键来定义角和边, rsp。
去除边缘以将三角形增加到更高的多边形。
在同一站点的原子之间复制和粘贴多面体建筑物。
通过选定原子定义(透明)晶格平面和(更佳)平面或线。
向原子添加向量以指示例如磁矩。
可选择的颜色差异,可视化氧化数,现场占用因素等。
全屏视图(带窗框,菜单,工具栏隐藏)。
动画:
结构图运动:
沿x轴,y轴和/或z轴旋转,
绘图区域内的水平和/或垂直位移,
放大因子的变化(从英尺到厘米),
相机距离的变化(透视印象)。
受控制于:
鼠标(鼠标越快,旋转越快等),
键盘(例如每次击键旋转一度),
数字(通过对话输入)。
可选的“旋转”功能,即移动加速。
连续运动,可以中断和继续。
“抓取模式”:鼠标光标下原子的弧形旋转。按下鼠标右键移动。使用鼠标滚轮更改放大系数。
步行模式,使相机/查看器能够浏览结构图。
有助于创建视频序列的记录器,例如AVI文件。
从记录的图片或单个结构图片上的动画创建POV-Ray图像序列或视频。
鼠标光标下原子的邻域预览,带有鼠标滚轮的预览球体变量半径 。
粉末图案的计算:
衍射参数的变化:
辐射类型:X射线(实验室,同步器),中子,电子,
波长,
LP校正,
2θ范围,
可选的配置文件
衍射图(可以配置样式,颜色和线宽)。
反射参数表,放大/缩小和跟踪2θ范围。
距离和角度的计算(包括标准不确定度):
在可配置的表格中,对于选定的原子类型和相当大的距离范围,
围绕当前在结构图中选择的原子。
距离的图形表示为具有颜色编码距离的直方图。
交互式测量距离,角度和扭转角度(包括标准不确定性)。
测量扩展的几何特征(包括标准不确定性):
两个平面之间的角度(通过hkl或(更佳)平面通过3个或更多个原子),
两条线之间的角度,
平面法线与直线之间的夹角,
原子与平面或直线的距离,
一组原子的质心,
一组原子的平面性或线性(组成原子与平面/线的距离)。
“新建属性”窗格,显示以下信息:
结构图的内容(创建了多少原子,键,多面体等),
当前的“公式总和”,表示与原子组相关的已创建原子的数量,
有关在结构图片或属性窗格上方(可选)表中选择的对象的信息,例如有关参数列表的原子的信息,
当前所选对象的表格,
所选原子周围的距离,
所选原子之间的距离,
所选原子的中心(质心),
所选原子的平面性或线性以及原子与该平面或线的偏差,rsp。,
分配给参数列表或选定原子组的选定原子的原子表,
分配给选定债券组的债券表(即原子组对),
所选多面体的配体,边和面信息。
所选原子位点的Dirichlet域。
所选Voronoi多面体的相邻原子和顶点。