Sequencher DNA 序列分析软件 多序列比对

1.Clustal

从4.9版本开始，Clustal已经成为Sequencher一系列插件的一部分。它是一种被广泛使用的多序列比对程序，它通过确定一组序列中的所有成对排列来进行工作，构造一个树状图以近似相似的方式对序列进行分组，然后使用dendogram作为向导来执行该序列。您可以使用Clustal来直接从Sequencher项目窗口中排列您的序列。从一系列参数中选择控制对齐过程。

一旦完成对齐，您可以看到Sequencher中一个或多个重叠的结果，您还可以进行多种分析。

通过将Clustal与Sequencher的功能结合起来，将不同来源的多个序列排列在一起，加速您的集群的排列。最后以不同的格式导出文件，如MSF、Phylip、NEXUS和FastA，在其他程序中使用或者简单地创建一致性并导出。

2.MUSCLE

MUSCLE是一个多序列比对(MSA)程序，从5.1版本开始加入Sequencher插件。它加入了Clustal，使它成为了Sequencher DNS-Seq工具的第二大的MSA项目。它的速度和精确度都很好，与其他的多序列排列程序相比，它是非常有优势的。MUSCLE在排序过程中主要有四个主要的步骤。第一步是使用k-mer集群来构建一个距离矩阵，然后将其转换为树。第二步使用这棵树来指导一个渐进的对齐。在最后的两个步骤中，MUSCLE算法尝试了许多不同的方法，以确定是否有可能改善树，从而实现多重对齐。

一旦整个过程完成，MUSCLE就会完成对齐，您会在Sequencher中看到以连续函数显示的结果。使用Sequencher的工具来注释您的对齐或导出您的对齐，并将其放入一个特殊的系统遗传程序中。MUSCLE是一个命令行程序，这意味着通常您会通过终端应用程序来使用这个程序。Sequencher开放了用户访问MUSCLE权限，而不需要学习使用UNIX命令行来操作。

3.限制性图

Sequencher提供了一套丰富的工具，用于生成DNA序列的线性限制图。通过频率、悬垂的性质或识别序列的长度来筛选酶的选择。

您还可以指定特定的向量和多连接序列来帮助您创建克隆策略。4.支持信任值

Sequencher在项目窗口、序列编辑器和序列获取信息窗口中显示可信度和汇总置信度信息（如果在DNA序列文件中可用）。因此，您可以轻松地监视数据的质量。

您甚至可以为您的置信值指定截止范围，并通过颜色代码查看这些范围。

5.SNP检测

Sequencher有几个强大的工具来帮助你检测DNA序列中的突变和单核苷酸多态性。您可以使用Sequencher来对一组序列之间的比较序列比对或将1个或多个序列与参考序列进行比较。Sequencher的Call Secondary Peaks...功能分析您所有的潜在杂合子序列。控制杂合子的严格性是很容易的。

在DNA组装概述中绘制所有杂合子的位置。您可以从一个杂合子导航到下一个，只需单击Basic视图中的空格键即可。查看蛋白质转换对于共识和参考序列低于共识。参考序列确保SNP的编号从一个DNA组件到下一个DNA组件是一致的。