Geneious 序列分析

Sanger和 NGS的可视化（宏基因组、RNA-seq），序列拼接，查找SNP，基因组注释，DNA序列及蛋白质序列的统计、预测等，查找Motif、ORF，比对序列与构建进化树等功能。

1、自动基因组注释

根据公共或本地数据库中的现有模式和注释自动注释新基因组，包括根据这些模式将 ORF 注释为假设基因，并针对 NCBI 进行查询。

2、实时序列预测

对DNA和蛋白质序列进行翻译，预测分子量、等电点、疏水性、跨模结构域等。

3、NGS可视化

只需单击一下，即可获得您拥有的下一代测序数据所需的可视化效果。注释的基因组，循环基因组，映射的读取，重叠群都显示在我们高度可定制的序列视图中。选择要显示的其他批注的配色方案、图形和轨迹，然后使用动态批注搜索和位置跳转来查找所需内容。

4、转录组数据分析

从映射的读数中计算表达水平，然后在样品之间进行成对比较，以鉴定差异表达的基因。在统计编程语言R方面没有任何专业知识的情况下，使用行业标准的DESeq2包来比较两个条件之间的表达式，每个条件都有重复样本。

切换到 PCA 图选项卡以使用主成分分析检查数据的质量，然后切换到交互式火山图以发现感兴趣的基因。在火山图中选择一个基因后，您可以在序列视图中直接跳转到该基因，其中所有基因都具有基于差异表达的热图着色。

5、序列拼接

可以处理来自任何类型的测序机器的数据，读取任何长度的读数，包括配对读取和来自不同测序机器的混合读取。它特别适用于具有产生圆形重叠群的独特能力的微生物组件。

6、序列比对

使用如Clustal Omega、MUSCLE、MAFFT等多种比对方式将序列进行对齐分析。

7、系统发育进化树构建

使用多种算法对目的序列构建进化树，如MrBayes、Neighbor Joining、UPGMA、PhyML。