2022年第1期应用实例赏析-02
摘要
这项工作以甘氨酸碘化物配合物(Gly·I)为案例,展示了温度相关的“碘标记”光电子能谱去探测氨基酸特异性结合位点。研究表明,碘标记NIPES是一种强大的通用手段,运用在探索特定结合相互作用的生物分子体系。
引言
氨基酸(AAs)是众所周知的蛋白质的基本成分,具有多种重要的生物功能(例如,作为化学信使、能量代谢物和必需营养素)。它们的离子簇与蛋白质离子相互作用在自然界中普遍存在,并在各种生理过程中发挥着关键作用。AA–离子簇的构象有很多,理论计算可以帮助识别那些不同的构象。同时,从头计算和密度泛函理论计算提供了有用的信息。通过对Gly·I–负离子的案例研究,美西北太平洋国家实验室王学斌教授与其合作者提供了一种探测特异性AA结合位点的新方法,通过自上而下的方法生成这些复合物,并使用“碘离子标记”负离子光电子能谱(NIPES)对其进行表征,解决了之前描述的两个挑战。
结果与讨论
在图1中,当光子能量为266 (4.661 eV)和193nm时,获得了Gly·I–阴离子在20 K下的NIPE光谱,这表明电子脱离一个分子轨道由碘原子造成的,Gly·I−的光谱更为复杂,在0.8 eV范围内,两个带系统均呈现多次跃迁。
本文借助量子化学计算,采用B3LYP/aug-cc-pVDZ优化Gly·I–几何图形,图2给出了6-311+G(df)基组下优化的碘化合物。
总结
美西北太平洋国家实验室王学斌教授与其合作者报道了一个关于Gly·I−复合体的案例研究,使用低温和依赖温度的“碘离子标记”光电子能谱结合理论计算。基于实验和计算之间的良好一致性、FCF模拟光谱与实测光谱的良好匹配,共捕获了5种CCSD(T)相对能量为3.93 kcal mol –1的同分异构体,并对其进行了表征。理论计算的热力学性质与实验观察到的团簇随温度变化的一致性。这项研究揭示了甘氨酸和碘化物之间不同的结合顺序。
本文中DFT计算是采用高斯完成,CCSD(T)计算使用MOLPRO 2015软件完成。北京泰科是国内官方指定代理商,与Molpro开发者保持良好的合作交流,北京泰科致力于Molpro在国内推广,搭建交流平台,是国内少数拥有Molpro/Gmolpro学习资源的平台。
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