如何定义对接的活性位点?

DS提供了4种定义活性位点的方式。一般来说，如果PDB文件自带活性位点，界面会显示活性位点，在定义活性位点时，选择FROM PBD SITE即可。如果PDB文件没有活性位点定义，可以通过选择FROM RECEPTORCAVITIES来让DS软件帮您预测。也可以根据文献的活性位点信息，自由选择氨基酸残基，然后选择CURRENTSELECTION来自定义活性位点，也可以根据共晶配体来选择: 选中配体，选择CURRENT SELECTION，默认半径为5A。或者在右上角搜索find site，找到下图程序，也行。默认为5埃是因为一般氢键在5A内都有可能形成氢键。再者可以根据下方的+ - 来增大或减少1A的半径。 所以一般的半径都会大于5A。