革命性的药物发现:PROTACs,分子胶和尖端信息学工具的影响

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革命性的药物发现:PROTACs,分子胶和尖端信息学工具的影响

 

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PROTACs揭秘:蛋白质降解的精确方法

靶向嵌合体蛋白水解(PROTAC)不仅仅是一个分子;它改变了游戏规则。与传统的酶抑制剂相比,PROTACs的两个活性结构域通过连接器复杂地连接在一起,其工作波长不同。它们独特的机制包括选择性的细胞内蛋白水解,从而靶向去除特定的不需要的蛋白质。通过在一端连接E3泛素连接酶,在另一端与指定的靶蛋白结合,PROTACs开启了有效药物发现的新时代。

 

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分子胶:弥合治疗干预的差距

进入分子胶-药物开发的变革范例。这些药物提供了一种多功能的方法来调节蛋白质之间的相互作用,超越了小分子药物的传统范围。分子胶在没有特定结合袋的情况下桥接和稳定蛋白质之间的相互作用,使蛋白质相互作用的精确和可控变化成为可能。这种独特的机制使研究人员能够探索创新的策略来治疗曾经难以使用传统药物发现方法解决的疾病。

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BIOVIA在推进化学数据表示中的作用

在这个创新的时代,BIOVIA是推进化学数据表示的先驱。凭借BIOVIA Direct和BIOVIA Pipeline Pilot等工具,公司为科学界的尖端信息学环境做出了重大贡献。BIOVIA化学具有绘制、存储和检索复杂分子的功能,包括PROTACs和分子胶,在为各种研究需求提供全面支持方面处于中心地位。

 

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素描序列和结构:BIOVIA的独特产品

BIOVIA Draw和BIOVIA Pipette Sketcher是科学家精确绘制分子,反应和序列的工具。BIOVIA Draw是一个可定制的桌面应用程序,BIOVIA Pipette Sketcher是一个现代的基于网络的素描器,确保了科学家在构建和表示分子实体时的无缝和准确的体验。

 

但让BIOVIA与众不同的是,它不仅能够处理小分子和反应,还能存储和检索复杂的序列信息。自包含序列表示(SCSR)允许对非常大的分子进行管理,为科学家提供基于天然或定制残基的快速访问序列,这些残基也可能包含以下任何一种:终端附件,桥接,连接子,有效载荷,突变和修饰。

 

BIOVIA允许科学家使用BIOVIA的草图构建这些大型序列。这些与BIOVIA的“集中库”(客户处理的天然和自定义残基的氨基和核酸,连接体和附件库)自动同步,始终确保所有科学家在绘制序列草图时使用最新的标准构建块集。

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材料管理:基于云的材料捕获革命

BIOVIA新的基于云的系统用于捕获专有和商业来源的材料,使您能够快速定义,识别和定位任何化学或生物材料。

 

它提供了许多现成的模板来表示常用的实体,包括化合物、细胞系和单克隆抗体。材料管理使您能够通过定义由单一成分组成的简单材料以及由多种成分(如混合物和配方)组成的更复杂的实体来捕获它们。

 

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如何用这个系统来表示PROTACs和分子胶呢?

大多数最终作为治疗剂交付的材料都以相对简单的概念表示开始它们的生命,旨在支持通常发生在发现过程中的早期表征和优化工作。为了支持早期发现,我们可以捕获分子胶和PROTAC候选化合物作为化学化合物物质。让我们来看一个例子。

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物料管理运作

为了支持科学发现,可以捕获像TL13-112这样的分子作为一种物质。注册TL13-112将导致系统根据其化学结构自动计算分子的化合物身份, 以及对分子盐形式分组有用的亲本识别。物料管理部门还将为该物质分配一个企业标识符。

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分子胶也可以用同样的方式表示。例如,我们可以注册Indisulam,一种诱导mRNA剪接因子RBM39的蛋白体降解以抑制细胞增殖的分子胶。

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我们可以使用材料、批号和容器记录来获取有关Indisulam真实物理实例的详细信息。使用这些记录使我们能够获取物理属性、供应商信息、数量、存储细节和组成;后者通过使用物质来定义,包括我们之前定义的物质。

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通过建模和仿真的力量更深入的见解

建模和仿真通过消除先验知识的必要性,在创新疗法的设计中发挥关键作用。这些强大的工具使研究人员能够以传统方法无法实现的灵活性和效率水平探索和评估新型治疗化合物。通过利用建模和仿真,科学家可以深入研究分子结构的复杂世界,评估三维构型,分析各种构象,并模拟与宿主结构的相互作用。

 

这种方法不仅加快了药物发现过程,而且允许更全面地探索潜在的候选治疗方法。研究人员可以对分子的动态行为获得有价值的见解,从而在分子水平上更深入地了解它们的相互作用。此外,建模和仿真技术能够探索多种结构可能性,为识别和设计具有增强功效和特异性的治疗方法铺平道路。

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在云端使用BIOVIA导航药物发现

药物发现领域正在迅速变化,需要适应性强的解决方案来应对不断变化的挑战。凭借数十年的经验,BIOVIA一直是客户追求科学的坚定指南。现在,在将我们久经考验的解决方案迁移到云端的过程中,我们重申了我们对创新的承诺。在这个充满活力的行业中,灵活性是关键。与BIOVIA联系,探索我们为满足您的需求而设计的平台如何成为您在这个新时代导航发现研究的指南针。

 

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北京泰科涉及行业

材料研发

基于BIOVIA Materials Studio材料设计平台,提供涉及电池、航空航天、国防军工、建筑、涂料涂层等多领域材料研发软件及综合解决方案。

 

药物研发

针对药物设计、药物研发等提供基于Discovery Studio、COSMOLOGIC等软件的ADME、构象比对、溶剂筛选、结晶、成盐、共晶筛选、稳定性、溶解度pKa、分配系数等性质的模拟预测软件及方案。

 

化工设计

面向精细化工、新能源、石油化工等领域提供精馏萃取催化剂设计、热力学性质(溶解度、粘度等)、提纯表面处理吸附等性质模拟软件平台及解决方案。

 

数据挖掘

基于Pipeline Pilot提供数据搜集、数据清洗、特征工程、机器学习、流程设计等多种数据挖掘综合解决方案。

 

一体化实验室

• 实验室信息管理

• 电子实验记录本/SOP执行

• 试剂耗材管理

• 仪器管理

• 数据管理

 

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部分产品

量化材料类

• Crystal: 固体化学和物理性质计算软件

• Diamond: 晶体结构数据可视化分析

• Endeavour: 强大的求解晶体结构的软件

• Molpro: 高精度量化软件

• Molcas: 多参考态量软件

• Turbomole: 快速稳定量化软件

• TeraChem: GPU上运行的量化计算软件

• Spartan: 分子计算建模软件

 

数据分析类

• GelComparll: 凝胶电泳图谱分析软件

• SimaPro: 生命周期评估软件

• Unscrambler: 完整多变量数据分析和实验设计软件  

• CSDS: 剑桥晶体结构数据库

• lCDD: 国际衍射数据中心数据库

• ICSD: 无机晶体结构数据库

• Pearson’s CD: 晶体数据库

 

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公司简介

北京泰科博思科技有限公司(Beijing Tech-Box S&T Co. Ltd.)成立于2007年,是国内领先的分子模拟及虚拟仿真综合解决方案提供商。

 

北京泰科博思科技有限公司与国际领先的模拟软件厂商、开发团队深入合作,为高校、科研院所和企业在材料、化工、药物、生命科学、环境、人工智能及数据挖掘、虚拟仿真教学等领域提供专业的整体解决方案。用户根据需要在我们的平台上高效的进行各种模拟实验,指导实际的生产设计。

 

北京泰科博思科技有限公司拥有一支一流的技术服务团队和资深的专家咨询团队,以客户真正需求出发,服务客户,为客户创造价值。我们秉承“职业、敬业、担当、拼搏、合作”的企业精神,致力于用国际领先的软件产品和专业全面的技术支持服务,成为客户可信赖的合作伙伴。

2024年第5期应用实例赏析-01

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BIOVIA COSMOlogic是用于预测化工热力学性质的软件,适用于有机溶液、离子溶液、高分子和药物分子、溶剂筛选、离子电池等领域,能非常快速、精确的预测出溶解度、闪点、粘度、亨利常数等众多性质。

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