Diamond

Diamond功能列表

输入和输出：

专有二进制Diamond 3/4文档格式（扩展名.diamdoc）：

支持晶体和分子结构（即有和没有平移对称）。

在文档中存储多个结构数据集，每个数据集具有：

原子参数，

单元参数和空间组（可选），

各向异性位移参数，

连接参数（键，H键，非键合触点）

化学和书目数据（作者，参考，数据库来源等）。

支持结构数据集的多个结构图片。保存您自己的组合和设计的晶体结构框架。

兼容Diamond 2格式（DSF）。

原子数，键数，多面体等仅受RAM限制。

手动输入或更新化学，结晶学和书目数据。

从数据格式自动导入：

由ICSD或CRYSTMET创建的CRYSTIN下载格式

剑桥结构数据库FDAT格式。

Brookhaven蛋白质数据库格式。

SHELX-93格式。

晶体信息文件（CIF）。

XYZ格式（带有笛卡尔坐标的自由格式），

SYBYL MOL和MOL2格式，

Cerius2（CSSR）格式，

MDL MOL格式。

将结构数据导出为：

CIF，

SCHAKAL，

XYZ格式。

POV-Ray助手可以创建具有阴影，反射，纹理，背景图形等的照片般逼真的场景。

将结构图的3D世界导出为VRML。

导出结构图片的2D图形（用于后处理，例如在文字处理器或图形应用程序中）：

作为Windows图元文件（WMF，面向矢量），

作为位图（BMP;用户定义的宽度，高度和分辨率），

作为GIF，JPG或PNG文件，例如与HTML文档链接。

在文档之间剪切，复制或粘贴数据集（以及相关的结构图片）。允许创建小“数据库”。

搜索化学，晶体学或书目数据：

在所选目录中所选类型的文件中，

在“晶体开放数据库”（COD）中，包括（其中包括）AMCSD（“美国矿物学家晶体结构数据库”）以及来自IUCr期刊的CIF文件。

最常见（无机）结构类型的小型数据库，例如插入结构数据或来自的预定义结构图片。

文档中可配置的结构数据集列表：

作为表（“结构列表”）

或以折叠形式作为“结构信息栏”。

用于区分具有多个结构的文档中的结构数据集的颜色编码。

所选数据集或整个文档的结构图片的缩略图概述。

最近的图片列表，包含最后编辑过的图片/文档的缩略图。

结构数据文本表示的数据表：

紧凑或全面的形式

或者自定义选择和项目顺序。

“原子列表”：结构图中原子的分层列表，原子位点和/或基团或分子的基团。

打印选定的数据集，数据表，表格或结构图片。通过Windows剪贴板对数据集进行文本复制以进行后期处理。

将数据表和表格导出为HTML。

施工：

可选助手，有助于从头创建结构图片或修改图片。

“自动图片创建器” - 与结构图片并排放置在对接窗口中 - 以交互方式改变图片构建以及图片设计和查看方向。

“构建方案”（在Diamond 3中称为“自动构建器”），可自动创建图片或根据用户定义的策略创建图片。在可视化大量类似结构时很有用。

“晶体”和“分子”结构之间的转换，即添加或去除细胞和对称信息。

填充单位细胞，多个细胞，任何细胞范围，或选定中心原子周围的盒子或球体。

在屏幕内填充用户定义的矩形区域。

沿平面（hkl或最小二乘）或平面与坐标系壁之间填充板坯。

选择构造子晶格的原子（“过滤器”）。

原子环境的创建（和讨论），可选地来自原子位点的Dirichlet域。

讨论由直方图辅助的连通性，显示所选原子类型之间的距离分布以及粘合参数，以及自动计算和检查距离范围。

基于连接性自动创建键，或者通过在两个原子之间插入键来手动创建键。

添加 原子参数列表的所有原子（以及可选的键，H键，触点）以及连接参数列表。

从参数列表生成原子作为构建复杂框架的初始原子。

完成所选原子周围的配位球。

“泵浦”：在选定原子周围生成多个球体及其反转（“收缩”）。

自动生成分子或完成片段，例如已经在细胞边缘处剪切。

分子单元的定义（来自原子参数列表）。

在对称等效位置从分子单元产生分子。

搜索选定原子或分子附近的分子。

创建分子填料（平行六面体，球体，平板或层）。

“成长”和“切割：聚合物或分子片段的膨胀和还原。

创建“断开”键以发出无穷小的链，层或3D框架的信号。 “破产”与正常债券之间的转换。

H键和非键合接触连接的定义。建立H债券和联系人。

通过H键和/或接触扩展到相邻原子或分子以构建分子簇并反转（“减少”）。

讨论接触球和用鼠标轮扩展或减少分子簇。

在结构图片之间剪切，复制和粘贴结构部件：

可以复制结构图片（或整个图片）的片段。

复制的片段可以粘贴到相同数据集的空白或其他图片中。

用户控制的构建框架的拆除。

多步撤消和重做功能 （带图片缩略图），即使是高度复杂和未知的结构框架，也能实现安全的实验。

可视化：

“设计方案”（一种样式表），包含图片设计和查看设置，可快速轻松地应用于其他结构图片。

布局模式：

定期/窗口，

用于打印输出，例如A4页面尺寸，白色背景，

用于创建具有给定x和y维度以及dpi分辨率的位图。

可变缩放系数（增强Diamond 2的“页面视图”模式）。

模型，全局或单独分配给单个或原子组（允许在同一个图片中混合不同的模型）：

球棒（常规），

椭球，

空间填充，

棒或线（取决于粘合半径）。

沿特殊轴或特殊平面定义视图。

中央或平行投影，深度提示和立体显示。

逼真的渲染模型，具有用户定义的光源和材料属性（OpenGL）。

原子团和键的颜色，样式和半径的变化。每个单个原子的单独设计是可能的。

用鼠标轮改变原子和键半径。

平面和渲染模式下的ORTEP类原子样式（椭圆，八分圆）。

任选的片段化和双色键。

标记原子和键。用户自定义文本，可以放在图片的任意位置。

生成协调多面体：

围绕所选组的中心原子或围绕单独选择的原子，

由选定的配体原子构成，

可选地具有透明或阴影表面。

加强协调多面体的构建：

通过选择（点击）原子和键来定义角和边， rsp。

去除边缘以将三角形增加到更高的多边形。

在同一站点的原子之间复制和粘贴多面体建筑物。

通过选定原子定义（透明）晶格平面和（更佳）平面或线。

向原子添加向量以指示例如磁矩。

可选择的颜色差异，可视化氧化数，现场占用因素等。

全屏视图（带窗框，菜单，工具栏隐藏）。

动画：

结构图运动：

模式：

沿x轴，y轴和/或z轴旋转，

绘图区域内的水平和/或垂直位移，

放大因子的变化（从英尺到厘米），

相机距离的变化（透视印象）。

受控制于：

鼠标（鼠标越快，旋转越快等），

键盘（例如每次击键旋转一度），

数字（通过对话输入）。

可选的“旋转”功能，即移动加速。

连续运动，可以中断和继续。

“抓取模式”：鼠标光标下原子的弧形旋转。按下鼠标右键移动。使用鼠标滚轮更改放大系数。

步行模式，使相机/查看器能够浏览结构图。

有助于创建视频序列的记录器，例如AVI文件。

从记录的图片或单个结构图片上的动画创建POV-Ray图像序列或视频。

勘探：

鼠标光标下原子的邻域预览，带有鼠标滚轮的预览球体变量半径 。

粉末图案的计算：

衍射参数的变化：

辐射类型：X射线（实验室，同步器），中子，电子，

波长，

LP校正，

2θ范围，

可选的配置文件

衍射图（可以配置样式，颜色和线宽）。

反射参数表，放大/缩小和跟踪2θ范围。

距离和角度的计算（包括标准不确定度）：

在可配置的表格中，对于选定的原子类型和相当大的距离范围，

围绕当前在结构图中选择的原子。

距离的图形表示为具有颜色编码距离的直方图。

交互式测量距离，角度和扭转角度（包括标准不确定性）。

测量扩展的几何特征（包括标准不确定性）：

两个平面之间的角度（通过hkl或（更佳）平面通过3个或更多个原子），

两条线之间的角度，

平面法线与直线之间的夹角，

原子与平面或直线的距离，

一组原子的质心，

一组原子的平面性或线性（组成原子与平面/线的距离）。

“新建属性”窗格，显示以下信息：

结构图的内容（创建了多少原子，键，多面体等），

当前的“公式总和”，表示与原子组相关的已创建原子的数量，

有关在结构图片或属性窗格上方（可选）表中选择的对象的信息，例如有关参数列表的原子的信息，

当前所选对象的表格，

所选原子周围的距离，

所选原子之间的距离，

所选原子的中心（质心），

所选原子的平面性或线性以及原子与该平面或线的偏差，rsp。，

分配给参数列表或选定原子组的选定原子的原子表，

分配给选定债券组的债券表（即原子组对），

所选多面体的配体，边和面信息。

所选原子位点的Dirichlet域。

所选Voronoi多面体的相邻原子和顶点。