应用系统设计主要包括口岸基础支撑系统、电子口岸期应用系统、与监管单位信息化系统对接、与其他电子口岸数据交换、企业用户数据交换。
电子口岸利用各种网络数据传输技术将所有与口岸有关的环节海关、检验检疫、海事、边检、外管局、码头、堆场、船舶公司、船代、货代、货主、运输公司、报关行等的信息系统连接起来，即对目前电子口岸分散的信息资源进行整合。经过各分口岸进出口的货物信息，只需要与电子口岸进行电子数据交换。