AlleleID 物种识别和分类鉴别的综合软件

物种鉴定实验/交叉物种化验/等位基因鉴定实验 AlleleID?根据多序列比对、分析守恒和种别特异性区域排列序列。您可以使用程序进行实时PCR引物设计（包含SYBR?  Green引物设计）和双标签探针设计（TaqMan?  probes,  TaqMan?  MGB  and  molecular  beacons）。这些实验旨在于进行菌株检测或者从混合菌株中找到感兴趣的种属。 为了进行交叉物种试验，AlleleID?通过识别保守区域来设计通用探针。对于相关的生物体，当研究物种的基因组草图不可用时，可以使用AlleleID?来研究其基因表达。这些强大的功能可以帮助您解决很多具有挑战性的难题，例如的检测、鉴定、定量以及污染物、环境等的监测。 精细计算确保试验成功 高度特异性寡核苷酸通过回避自动注释BLAST搜索结果找到的显著同源性区域而设计。实时定量PCR引物和探针阻止模板形成二级结构提升效率。"Minimal  Set"，该程序较具创新性的特点之一是可以帮助设计数量较少的等位基因特异性寡核苷酸引物和组合中每个所需物种/菌株/类群的标识双标记探针，有利于降低检测成本。对于种属差异性很大的类群或交叉物种实验，这个功能特别有用。对于已有成熟引物的部分集合，AlleleID?可设计用于剩余序列物种鉴定和类群特异性实验的兼容引物和探针。 广泛支持实时定量PCR试验和SNP/表达基因芯片 AlleleID?可以设计更佳的SYBR?  Green引物，TaqMan?探针，T  TaqMan?  Minor  Groove  Binding  (MGB)探针，FRET探针或者分子标签，用于实时定量PCR差异基因表达SNP基因型分类试验。您也可以设计实时PCR引物和一个单一的SNP检测或表达芯片中高达10000个序列的双标记探针。 设计Luminex  xMAP?试验 基于Luminex’s  xMAP?技术，AlleleID?可以设计应用于悬浮实验系统的多重菌株变异途径。如果您研究的是密切相关的生物体，这个功能可以帮助您在一个反应体系中进行等位基因特异性引物延伸（ASPE）和DHA检测。 多路连接依赖探针扩增（MLPA）检测拷贝数和突变检测 AlleleID是设计MLPA合成探针或者由MRC Holland引入的多重连接依赖探针扩增技术的程序，当合适的工具包不可用时，研究人员能够扩展这项技术。这是一种快速增长的高通量基因图谱分析方法。可以检测外显子缺失、拷贝数变化和CpG甲基化模式。具有成本效益合适、敏感性高、特异性好和可再生性好等特点。 AlleleID为PamGene检测设计了mRNA特异性,DNA特异性和突变特异性MLPA探针。这将使PamChip用户在使用PamGene高精度检测平台时设计自己感兴趣的基因探针检测。结合这两种技术，拷贝数的变化和突变可以很容易地在6小时内检测到。 功能特征 物种鉴定试验 基因芯片的基因拼接/选择性剪接 外显子连接引物设计 实时PCR引物设计 TaqMan探针设计 SyBR绿色底漆设计 分子信标设计 FRET探针设计 微阵列探针设计 精密化验设计 数据库支持 输入输出格式